微信小程序的坑太多了。
这个问题我的解决方案是：
底层page上的内容也用一个scroll-view来放置，page的css属性设置成width100%height100%，css隐藏滚动条。
一个半透明全覆盖mask层用来遮住page的内容，同时用来屏蔽点击。
mask中放置scroll-view。

这样能完全阻断遮罩层和底部page关联的方法。无论是滚轮还是touchmove，都只在当前层有效。