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相同脚本但具有不同输入字符串参数的SLURM抽签作业数组并行运行

更新时间:2023-11-07 21:44:46

您可以将参数值列表存储在数组中,并使用 SLURM_ARRAY_TASK_ID env变量对该数组建立​​索引.

You can store de list of argument values in an array and use the SLURM_ARRAY_TASK_ID env variable to index that array.

#!/bin/bash

#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 12
#SBATCH -t 120:00:00
#SBATCH --partition=main
#SBATCH --export=ALL
#SBATCH --array=0-3

A=(text-{a..d}) # This is equivalent to A=(text-a text-b ... text-d)
B=(text-{A..D})

srun ./myscript.R "${A[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}" "${B[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}"

,只需使用 sbatch 提交即可.