最后我可以解决问题。

解决方案是：

exec('java -Djava.awt.headless=true -jar PROGRAM.jar -n -t ORIGIN.pdf -o DESTINY.pdf -s CERTIFICATE -p PASSWORD', $output, $return);

添加 -Djava.awt.headless = true 选项你告诉java它是间接调用，所以它无法控制键盘，鼠标等。

Adding the -Djava.awt.headless=true option you're telling java that it's an indirect call so it hasn't control over keyboard, mouse, etc.