您删除了迁移目录，但是版本已经保存在数据库中，所以您必须删除数据库中的版本信息。 运行

delete from alembic_version;

在MySQL shell中。

根据@mirekphd的建议，如果这是开发环境或测试的单个应用，只需删除它，否则备份表中的数据。