这两种部署方式有何区别？

我觉得应该没什么差别，硬要说的话，那war包部署应该更有效率，风险也更低吧。毕竟直接上传文件夹，万一某个文件漏掉了，或者上传失败了，都要专门处理；还有多文件上传，以ftp为例，每个文件（印象中）都要单独建立连接，很费时间啊

war包是经过压缩的，服务器(比如tomcat)是如何处理其中项目文件的？

tomcat在拿到war包后，会自动解压的

关于为什么用war，可以看看这里：why-war